期中審查是補助計畫執行到一半時，檢查進度、查核點完成情形與經費動支；期末審查是計畫全程結束後，確認查核點與成果是否達成，通過後辦理結案並撥付尾款。SBIR 將期末階段稱為結案審查。查核點是計畫書中事先寫好、可以量化驗收的階段成果與完成時間。
為什麼重要
審查結果直接影響撥款。SIIR 是先做後撥：通過期中審查撥付 50%，通過期末審查並結案後再撥付 50%，期中審查的門檻包括進度達 50%、經費動支達 40%。SBIR 的撥款依期程而定，期程 9 個月以內者簽約撥第 1 期、結案審查通過撥第 2 期；超過 9 個月者先預留 15% 為尾款，其餘分期撥付，每期報告審查通過且經費動支達 75% 才撥次期。CITD 繳交履約保證後，簽約即可先撥至少 50%，期末結案再撥餘款。
常見的誤解
「期末沒過，頂多拿不到尾款」並不正確。依 SBIR 須知，不予結案時契約解除，已撥付的補助款須全數返還；查核點未完成也會依權重比例扣款。SIIR 減價驗收的企業，次年度不得申請。因此，查核點在寫計畫書時就要具體、可評估，SBIR 須知也明確要求避免質化描述。