計畫變更是補助計畫執行期間，實際做法與核定的計畫書不同時，依契約向計畫辦公室報備或申請核准的程序。共同的原則是計畫目標不減少、補助款不增加。
為什麼重要
計畫執行一兩年，人員異動、廠商更換、預算調整都很常見，但沒有依規定辦理變更，相關支出在核銷時可能不被認列。三個主要計畫的做法不同：SBIR 分為一般變更與重要變更，人員、材料、設備、差旅等一般變更可在期中報告中報備，計畫主持人、顧問、技術移轉、查核點、預算與期程等重要變更須經核准後才生效，最晚在執行期滿前 30 日提出，延長期程最多 3 個月、以一次為限。SIIR 分為第一類與第二類變更，最晚在契約屆滿前 1 個月提出。CITD 不分類，須於 30 日內行文通知。
常見的誤解
常見的做法是「先做再補變更」，但 SBIR 的重要變更經核准後才生效，未辦理變更就支用的費用可能被剔除。另一個誤解是「預算科目之間可以自由挪用一定比例」：依 115 年度三個計畫的須知與契約，預算或經費科目的調整都屬於須核准的變更，並沒有一般性的流用比例。實際規定以各計畫當年度須知與契約為準。