核銷是受補助企業以合法的原始憑證，向計畫辦公室證明經費確實依核定的計畫用途支用。經審查認列的支出才算數；不符用途、憑證不適當或無法查核的支出，依 SBIR 契約不予核銷，SIIR 契約則規定計畫辦公室有權調減補助款。
為什麼重要
補助款不是核定後就全部入袋，而是依核銷結果認列。核銷的基本原則包括：專款專用、專戶專帳；依核定計畫書的預算科目支用；憑證日期在計畫期間內且已實際付款；憑證註記計畫名稱；以未稅金額認列；依補助比例分攤補助款與自籌款；不得與其他政府補助重複列報。
常見的誤解
「發票有拿到就能核銷」是最常見的誤解。依 SBIR 會計作業手冊列出的常見缺失，以下情形都可能被剔除：開立發票的廠商與計畫書所列不符又沒有辦理變更、憑證日期不在計畫期間內、以遠期支票付款但尚未兌現、金額含營業稅。SIIR 的財務審查也特別提醒，憑證抬頭或統一編號不是受補助公司的，例如以個人信用卡支付的廣告費，常被調減。