計畫總經費是一個補助計畫全部要花的錢，由政府補助款與企業自籌款兩部分組成。依《經濟部協助產業創新活動補助獎勵及輔導辦法》第 9 條，補助款不得超過計畫全案總經費的 50%，SBIR、SIIR、CITD 都依這個原則編列。
為什麼重要
補助上限通常以補助款表示，例如 SBIR Phase 1 補助款上限 150 萬元、SIIR 個別申請 150 萬元、CITD 產品開發 200 萬元。換算成計畫總經費，企業至少要準備同等金額的自籌款，而且三個計畫都規定自籌款原則上不得超過企業的實收資本額（SBIR 另允許提出財務規劃證明）。申請前先算清楚總經費與自籌款，才知道公司的資金能不能支撐。
常見的誤解
常見的想法是「補助 150 萬，就是拿 150 萬去做」。實際上，150 萬的補助款要搭配至少 150 萬的自籌款，計畫總經費至少 300 萬元，而且補助款與自籌款都列入查核範圍。執行時如果實際支出超過計畫經費，超出的部分由企業自行負擔，不會追加補助；自籌款沒有花到約定金額，補助款也可能依比例減少。